Successivamente, furono fatte varie donazioni e concessioni da parte di re e regine (Giovanna I, Ferrante I, Alfonso II, Federico I) che resero l’Istituto sempre più bello e grande.
Dal 1500 al 1700, vi furono sempre lunghe dispute e discussioni, perché l’Autorità ecclesiastica vantava dei diritti sull’Istituto, essendo sorto come luogo pio e, quindi, legato alla Chiesa; contro di essa si sono sempre schierate le autorità laiche, che esigevano il diritto, anche sulla chiesa annessa all’Ospedale, e sulla nomina della badessa; inoltre, per la nomina del cappellano, gli amministratori ottennero che fosse scelto tra tre nomi che essi sottoponevano al Vescovo. La disputa fu risolta il 27 agosto 1857, quando l’Istituto fu dichiarato di regio patronato.
L’Istituto è sempre stato retto con amministrazione autonoma. Fin dal 1410 si ha notizia della serie dei Governatori dell’Ente; per la celebrazione del Culto nella Chiesa e nell’Ospedale, all’inizio vi erano dei sacerdoti, stipendiati dall’Istituto; nel 1949, i Padri Conventuali si offrirono di provvedere e sistemare lì un loro convento; ma il Vescovo negò l’autorizzazione e da allora provvede alla nomina di un Rettore.
L’Ospedale fu realizzato nel 1622; già prima vi era stato istituito un lazzaretto nel 1422, e nel 1526; come più tardi, nel 1837, e nel 1854.
Oltre all’Ospedale, vi era anche un convento, il più grande di Aversa; dal 1623 al 1665, fu istituita anche la “ruota”, per raccogliere gli orfanelli. Nel 1839, il convento fu abolito, e continuò a funzionare il solo Ospedale.
Nel 1857, vi fu aperto un convitto per le Figlie della Carità, che tuttora provvedono all’assistenza dei malati.