Fu fondato nel 1566 dal Vescovo Balduino de Balduinis, nello stesso luogo in cui si trova attualmente, ma limitato a due sole stanzette.
Resosi necessario allargarlo, nel 1594 il vescovo Pietro Ursino comprò a piazza Plebiscito, di fronte al Sedile di S. Luigi, il palazzo “del Tufo” e vi trasferì il Seminario, che vi rimase fino al 1725. Nel 1697, il Vescovo Card. Innico Caracciolo, nel desiderio di riorganizzare e sistemare il Seminario, lo fece ricostruire, ampliato, nella sua antica sede di piazza Normanna, vicino al Duomo ealla Curia. Ebbe allora la forma che è rimasta, salvo alcuni particolari, fino ai nostri tempi.
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Il 16 settembre del 1725, avvenne il passaggio degli alunni, dal vecchio al nuovo Seminario.
Nel 1797, fu arricchito del monumentale scalone di marmo, eseguito su disegno di Luigi Vanvitelli.
Il 4 novembre del 1896, al Seminario fu aggiunta una seconda sede, per la quale fu utilizzato il collegio vescovile, alloggiato nel palazzo Ventignano-Della Valle, accanto alla chiesa di S. Andrea, nella via omonima; la nuova sede fu conosciuta come il “Seminario minore”, ed ebbe vita per un quarantennio, diretta, con vero intelletto d’amore, dal can. Antonio Migliaccio, uomo di grande carità, di santa vita, fondatore delle “Discepole di S. Teresa del Bambin Gesù”, di Qualiano.
A palazzo Della Valle, solo per qualche anno, rinasceva il convitto vescovile “C. Ferrini”; poi, passò in fitto a privati.
Al Seminario grande, confluivano così anche i giovani del Seminario minore. Il primo Seminario, intanto, perdeva le classi liceali, e si riduceva ad un modesto ginnasio.
Dal 1936 ad oggi, ha subito frequenti restauri; i più importanti furono diretti dall’architetto L. Solvimene. Negli ultimi anni, per gran parte, è stato messo a nuovo; rinnovate, ad esempio, la Biblioteca e la Cappella; si è ricostituito il corso liceale; il tutto, in uno sforzo di adattamento ai tempi nuovi, e alle nuove esigenze della pedagogia seminaristica.
Sotto molti aspetti, la Storia del Seminario, nei secoli XVIII-XIX e XX, risponde alla storia della cultura cattolica in Campania.
